Alex, Marty, Melman, Gloria, el rey Julien, Maurice, los pinguinos y los chimpances se encuentran abandonados en las remotas playas de Madagascar. Para superar este obstaculo, los neoyorquinos han ideado un plan tan loco que puede que funcione. Con precision militar, los pinguinos han reparado (bueno, casi) un viejo aeroplano accidentado. Una vez que despega el primer vuelo de la compañia Aerolineas Pinguino, la insolita tripulacion consigue permanecer en vuelo el tiempo suficiente como para llegar al lugar mas salvaje de todos: las inmensas llanuras africanas, en donde los miembros de nuestro grupo de animales criados en el zoo de Nueva York se encontraran por primera vez con miembros de su especie. Africa parece un sitio genial, pero… ¿es mejor que su hogar en Central Park?