Tras la derrota de su vieja y maliciosa Némesis, Shredder, las Tortugas han crecido separadas como una familia. Luchando para seguir unidas, su rata sensei, el Maestro Splinter, se preocupa cuando extraños eventos comienzan a ocurrir en Nueva York. El científico Max Winters está creando un ejército de monstruos de otros tiempos para, aparentemente, adueñarse del mundo. Y tan sólo el equipo de lucha de Las Tortugas Ninja puede pararlos –aquellos héroes de medio caparazón- ¡Leonardo, Miguel Angel, Donatello y Raphael!. Con la ayuda de sus viejos aliados April O’Neil y Casey Jones, las Tortugas vuelven para la lucha más importante de sus vidas ya que una vez más deberán enfrentarse al misterioso Clan Maligno.