1870. El joven médico escocés Jamie Dodd (Joseph Fiennes) y la aventurera Elena van den Ende (Kristin Scott Thomas) viajan al oscuro corazón de la inexplorada África Ecuatorial, en busca de los orígenes de la humanidad. Regresan a Edimburgo con dos pigmeos capturados, Toko (Lomama Boseki) y Likola (Cécile Bayiha). Soñando en la gloriosa posteridad, Jamie se sumerge en el estudio de estos "eslabones perdidos". Sin embargo, llega a reconocer a sus cautivos como a seres inteligentes, congéneres sensibles, provocando la burla y finalmente la exclusión de la comunidad científica. Cruelmente exhibidos en el Zoo de Edimburgo, los pigmeos están condenados a un futuro lóbrego de humillación y degradación. La decisión de Jamie de ayudarles le cuesta su carrera, sus amigos y el amor: se embarca en una cruzada que parece condenada al fracaso. Pero Toko y Likola resultan ser aliados extraordinarios. De su silenciosa, sagrada unión, sacan la fuerza para desafiar a sus enemigos.